L'Organisation XIII est une organisation secrète dont les membres sont au nombre de treize. Ce sont des Similis possédant une forme « humaine » et contenant un X dans leurs noms (lequel est en réalité une ANAGRAMME de leur ancien nom, enrichi du fameux X . Le jeu ne donne toutefois les 'vrais noms' que des six premiers membres, anciens disciples d'Ansem le Sage et fondateurs de l'Organisation). Le but ultime du groupe est de rechercher leurs c½urs par l'entremise des combattants de la Keyblade et du Kingdom Hearts, lieu de la naissance des c½urs de tous les mondes.
